На заседание от 12 януари 1950 година Епархийският съвет на Доростолска и Червенска епархия решил да се изгради параклис при Новите /Липнишките/ гробища край Русе – филиал на църквата “Св. Богородица”. Последвало сформиране на “Комитет за постройката на храм-параклис при новите гробища” с председател протойерей Борис Минев, секретар свещ. Борис Попсимеонов и членове прот. Йосиф Пенев, заменен през юли 1951 г. от прот. Тихон Капанджиев, Иван Балкански и Иван Коцев.

Свещениците Иван Пройнов и Николай Баджаков последователно изпълнявали касиерската длъжност. Основният камък на храма е положен на 14 юни, четвъртък, 1951 г. от Доростолския и Червенски митрополит Михаил. Празното място преди това било засяно с царевица. Два дни преди това събитие, членовете на Комитетът единодушно решили новият храм да се посвети на св. Архистратиг Михаил.

Планът за храма бил изработен от арх. Кирил Дойчев от отдел “Капитално строителство” на Св. Синод. Технически ръководител на строежа бил Георги Бакалов. Средства за новия храм отпуснали Митрополията – 169 354 лв., катедралния храм “Св. Троица” – 91 917 лв., храм “Св. Богородица” и християните събрали 1 400 лв. Според идейния проект се предвиждало до храма да бъдат построени още четири сгради.

Двете до входа трябвало да бъдат свързани с аркада, в средата на която да се издигне камбанария. Катафалките можели да преминават по централната алея под камбанарията, а двете странични алеи били предназначени за пешеходци. Предвиждало се на северната страна на църквата да се изгради шадраван. Проектът не бил изпълнен напълно, защото през ноември 1953 г. гробищата били закрити, което наложило храмът да стане енорийски и да обслужва християните от близките квартали.

Строителните работи трябвало да завършат на 30 юни 1952 г., но по различни причини Техническата строителна организация при Св. Синод – “СИНСТРО” завършила обекта на 24 май 1953 г. Църквата е кръстокуполна базилика с диаметър на кубето 9 метра. Към него е закрепен кристален полиелей. По проект новият иконостас трябвало да бъде изработен от изкуствен мрамор – травертин, но възникнала идеята да се постави красивия дърворезбован иконостас от параклиса “Св. Василий Велики” при Държавната болница, който от няколко години бил превърнат в склад.

Комитетът изпратил писмо до Министерството на народното здраве и социалните грижи, с което помолил иконостасът, иконите, богослужебните книги, одежди и съсъди да бъдат предоставени за употреба в новия храм. Болницата и параклисът при нея били общинска собственост, но църковните предмети били дарени от русенските храмове и богомолците. Получил се отговор, че предметите се предоставят за новоизградения храм. Иконите по иконостаса са нарисувани от Тодор Янков.

Храмовата икона на царския ред е подарена от Православното християнско братство “Св. Архангел Михаил” на Архангеловден през 1956 г. Входната врата е изработена от качествен брястов материал. Храмът е осветен от Доростолския и Червенски митрополит Михаил на 15 януари 1956 г. След това била отслужена Архиерейска св. литургия, в края на която митрополит Михаил произнесъл поучително слово. Неголямата кокетна църква била изпълнена с богомолци. В службата участвали свещеници от града и от близките села.

Свещенослужители и богомолци се разотишли, като отнесли в душите си чувство на светъл възторг, че в Русе се е разгоряло още едно молитвено огнище, въпреки трудните времена. Изографисването на църквата е извършено през 1967 – 1969 г. от софийския художник Карл Йорданов, който е рисувал в цяла България още 26 малки и големи църкви в колектив с Николай Ростовцев, Димитър Бакалски и др., и декоратора Пеню Пиндев. Голяма част от стенната живопис за съжаление днес е силно повредена. Богослужебните книги са донесени от закрития болничен параклис, а някои са подарени от митрополитите Михаил и Софроний.

През 2005 г. фасадата на храма беше ремонтирана със средства по програмата “Красива България”. Около двора на храма беше изградена нова ограда. Предстои реставрация на стенописите.